Crenarchaeota - Crenarchaeota
Crenarchaeota | |
---|---|
Archaea Sulfolobus zakażony specyficznym wirusem STSV-1 . | |
Klasyfikacja naukowa | |
Domena: | |
Królestwo: | |
Superphylum: | |
Gromada: |
" Crenarchaeota "
Garrity i Holt 2002
|
Klasa | |
Synonimy | |
|
Crenarchaeota (znany również jako Crenarchaea lub eocytes ) są archeowce , które zostały zaklasyfikowane jako gromady domeny archeowce. Początkowo uważano, że Crenarchaeota są ekstremofilami zależnymi od siarki, ale ostatnie badania wykazały charakterystyczne rRNA środowiskowe Crenarchaeota, co wskazuje, że organizmy mogą być najliczniejszymi archeonami w środowisku morskim. Pierwotnie oddzielono je od innych archeonów na podstawie sekwencji rRNA; inne cechy fizjologiczne, takie jak brak histonów, poparły ten podział, chociaż niektóre crenarchaea okazały się mieć histony. Do niedawna wszystkie wyhodowane Crenarchaea były organizmami termofilnymi lub hipertermofilnymi, z których niektóre mają zdolność wzrostu w temperaturze do 113 °C. Organizmy te barwią Gram-ujemnie i są zróżnicowane morfologicznie, posiadają pręciki, ziarniaki , nitkowate i dziwnie ukształtowane komórki.
sulfolobus
Jednym z najlepiej scharakteryzowanych przedstawicieli Crenarcheota jest Sulfolobus solfataricus . Organizm ten został pierwotnie wyizolowany z geotermalnie ogrzewanych źródeł siarkowych we Włoszech i rośnie w temperaturze 80 °C i pH 2-4. Od czasu jego wstępnej charakterystyki przez Wolframa Zilliga , pioniera w badaniach termofilów i archeonów, podobne gatunki w tym samym rodzaju zostały znalezione na całym świecie. W przeciwieństwie do ogromnej większości hodowanych termofilów, Sulfolobus rośnie tlenowo i chemoorganotroficznie (pozyskując energię ze źródeł organicznych, takich jak cukry). Czynniki te umożliwiają znacznie łatwiejszy wzrost w warunkach laboratoryjnych niż organizmy beztlenowe i doprowadziły do tego, że Sulfolobus stał się organizmem modelowym do badania hipertermofili i dużej grupy różnorodnych wirusów, które się w nich replikują.
morskie gatunki
Począwszy od 1992 roku opublikowano dane, które donosiły o sekwencjach genów należących do Crenarchaea w środowiskach morskich. , Od tego czasu analiza obfitych lipidów z błon Crenarchaea pobranych z otwartego oceanu była wykorzystywana do określania stężenia tych „niskotemperaturowych Crenarchaea” (patrz TEX-86 ). Na podstawie tych pomiarów ich charakterystycznych lipidów uważa się, że Crenarchaea są bardzo liczne i są jednym z głównych czynników przyczyniających się do wiązania węgla . Sekwencje DNA Crenarchaea zostały również znalezione w środowiskach glebowych i słodkowodnych, co sugeruje, że ta gromada jest wszechobecna w większości środowisk.
W 2005 r. opublikowano dowody na istnienie pierwszej wyhodowanej „niskotemperaturowej Crenarchaea”. Nazywany Nitrosopumilus maritimus , jest organizmem utleniającym amoniak , wyizolowanym z akwarium morskiego i hodowanym w temperaturze 28 °C.
Hipoteza eocytów
Eocyte hipoteza zaproponowana w 1980 roku przez Jamesa jeziora sugeruje, że eukarionty pojawiły się w ciągu prokariotycznych eocytes.
Jednym z możliwych dowodów potwierdzających ścisły związek między Crenarchaea i eukariontami jest obecność homologu podjednostki polimerazy RNA Rbp-8 w Crenarchea, ale nie w Euryarchaea
Zobacz też
Bibliografia
Dalsza lektura
Czasopisma naukowe
- Cavalier-Smith, T (2002). „Neomurańskie pochodzenie archebakterii, negibakteryjny korzeń uniwersalnego drzewa i megaklasyfikacja bakterii” . wewn. J. Syst. Ewol. Mikrobiol . 52 (Pt 1): 7-76. doi : 10.1099/00207713-52-1-7 . PMID 11837318 .
- Stackebrandta, E; Frederiksen W; Garrity GM; Grimont PA; Kampfera P; panieńskie MC; Nesme X; Rossello-Mora R; Huśtawki J; Trupera HG; Vauterin L; Oddział AC; Whitmana WB (2002). „Sprawozdanie komisji ad hoc ds. ponownej oceny definicji gatunku w bakteriologii”. wewn. J. Syst. Ewol. Mikrobiol . 52 (Pt 3): 1043-1047. doi : 10.1099/ijs.0.02360-0 . PMID 12054223 .
- Gürtlera, V; Mayall BC (2001). „Genomiczne podejścia do typowania, taksonomii i ewolucji izolatów bakteryjnych”. wewn. J. Syst. Ewol. Mikrobiol . 51 (Pt 1): 3-16. doi : 10.1099/00207713-51-1-3 . PMID 11211268 .
- Dalevi, D; Hugenholtz P; Blackall LL (2001). „Podejście z wieloma grupami zewnętrznymi do rozwiązywania relacji filogenetycznych na poziomie podziału przy użyciu danych 16S rDNA” . wewn. J. Syst. Ewol. Mikrobiol . 51 (Pt 2): 385-391. doi : 10.1099/00207713-51-2-385 . PMID 11321083 .
- Keswani, J; Whitmana WB (2001). „Związek podobieństwa sekwencji 16S rRNA do hybrydyzacji DNA u prokariontów” . wewn. J. Syst. Ewol. Mikrobiol . 51 (Pt 2): 667-678. doi : 10.1099/00207713-51-2-667 . PMID 11321113 .
- Młody, JM (2001). „Implikacje alternatywnych klasyfikacji i horyzontalnego transferu genów dla taksonomii bakteryjnej”. wewn. J. Syst. Ewol. Mikrobiol . 51 (Pt 3): 945-953. doi : 10.1099/00207713-51-3-945 . PMID 11411719 .
- Christensena, H; Bisgaard M; Frederiksen W; Mamrocze R; Kuhnert P; Olsen JE (2001). „Czy charakterystyka pojedynczego izolatu jest wystarczająca do ważnej publikacji nowego rodzaju lub gatunku? Propozycja zmiany zalecenia 30b Kodeksu bakteriologicznego (rewizja 1990)” . wewn. J. Syst. Ewol. Mikrobiol . 51 (Pt 6): 2221-2225. doi : 10.1099/00207713-51-6-2221 . PMID 11760965 .
- Christensena, H; Angen O; Mamrocze R; Olsen JE; Bisgaarda M (2000). „Hybrydyzacja DNA-DNA określona w mikrostudzienkach przy użyciu kowalencyjnego przyłączenia DNA” . wewn. J. Syst. Ewol. Mikrobiol . 50 (3): 1095–1102. doi : 10.1099/00207713-50-3-1095 . PMID 10843050 .
- Xu, HX; Kawamura Y; Li N; Zhao L; Li TM; Li ZY; Szu S; Ezaki T (2000). „Szybka metoda oznaczania zawartości G+C w chromosomach bakteryjnych poprzez monitorowanie intensywności fluorescencji podczas denaturacji DNA w kapilarze” . wewn. J. Syst. Ewol. Mikrobiol . 50 (4): 1463–1469. doi : 10.1099/00207713-50-4-1463 . PMID 10939651 .
- Młody, JM (2000). „Sugestie dotyczące unikania ciągłego zamieszania z Kodeksu Bakteriologicznego” . wewn. J. Syst. Ewol. Mikrobiol . 50 (4): 1687-1689. doi : 10.1099/00207713-50-4-1687 . PMID 10939677 .
- Hansmann, S; Marcina W (2000). „Filogena 33 rybosomalnych i sześciu innych białek zakodowanych w starożytnym klastrze genów, który jest zachowany w genomach prokariotycznych: wpływ wykluczenia słabo dopasowanych miejsc z analizy” . wewn. J. Syst. Ewol. Mikrobiol . 50 (4): 1655-1663. doi : 10.1099/00207713-50-4-1655 . PMID 10939673 .
- Tindall, BJ (1999). „Propozycja zmiany Reguły regulującej oznaczanie szczepów typowych zdeponowanych pod numerami kolekcji kultur przeznaczonych do celów patentowych” . wewn. J. Syst. Bakteriol . 49 (3): 1317–1319. doi : 10.1099/00207713-49-3-1317 . PMID 10490293 .
- Tindall, BJ (1999). „Propozycja zmiany Reguły 18a, Reguły 18f i Reguły 30 w celu ograniczenia wstecznych skutków zmian zaakceptowanych przez ICSB” . wewn. J. Syst. Bakteriol . 49 (3): 1321-1322. doi : 10.1099/00207713-49-3-1321 . PMID 10425797 .
- Tindall, BJ (1999). „Niezrozumienie Kodeksu Bakteriologicznego” . wewn. J. Syst. Bakteriol . 49 (3): 1313–1316. doi : 10.1099/00207713-49-3-1313 . PMID 10425796 .
- Tindall, BJ (1999). „Propozycje aktualizacji i wprowadzania zmian do Kodeksu Bakteriologicznego” . wewn. J. Syst. Bakteriol . 49 (3): 1309-1312. doi : 10.1099/00207713-49-3-1309 . PMID 10425795 .
- Burggraf, S; Hubera H; Stetter KO (1997). „Reklasyfikacja rzędów i rodzin crenarchael zgodnie z danymi sekwencji 16S rRNA” . wewn. J. Syst. Bakteriol . 47 (3): 657–660. doi : 10.1099/00207713-47-3-657 . PMID 9226896 .
- Palys, T; Nakamura ŁK; Cohan FM (1997). „Odkrycie i klasyfikacja różnorodności ekologicznej w świecie bakterii: rola danych sekwencji DNA” . wewn. J. Syst. Bakteriol . 47 (4): 1145–1156. doi : 10.1099/00207713-47-4-1145 . PMID 9336922 .
- Euzeby, JP (1997). „Lista nazw bakteryjnych o pozycji w nomenklaturze: folder dostępny w Internecie” . wewn. J. Syst. Bakteriol . 47 (2): 590–592. doi : 10.1099/00207713-47-2-590 . PMID 9103655 .
- Clayton, RA; Sutton G; Hinkle PS Jr; Bulwa C; Pola C (1995). „Wewnątrzgatunkowa zmienność w małych podjednostkowych sekwencjach rRNA w GenBank: dlaczego pojedyncze sekwencje mogą nie reprezentować odpowiednio taksonów prokariotycznych” . wewn. J. Syst. Bakteriol . 45 (3): 595-599. doi : 10.1099/00207713-45-3-595 . PMID 8590690 .
- Murray, RG; Schleifera KH (1994). „Uwagi taksonomiczne: propozycja rejestrowania właściwości domniemanych taksonów prokariotów” . wewn. J. Syst. Bakteriol . 44 (1): 174–176. doi : 10.1099/00207713-44-1-174 . PMID 8123559 .
- Winker, S; Woese CR (1991). „Definicja domen Archaea, Bacteria i Eucarya pod względem cech małych podjednostek rybosomalnego RNA”. Syst. Zał. Mikrobiol . 14 (4): 305–310. doi : 10.1016/s0723-2020(11)80303-6 . PMID 11540071 .
- Biada, CR; Kandlera O; Wheelis ML (1990). „W kierunku naturalnego systemu organizmów: propozycja domen Archaea, Bacteria i Eucarya” . Proc. Natl. Acad. Nauka. Stany Zjednoczone . 87 (12): 4576–4579. Kod Bibcode : 1990PNAS...87.4576W . doi : 10.1073/pnas.87.12.4576 . PMC 54159 . PMID 2112744 .
- Achenbach-Richter, L; Woese CR (1988). „Region spacerowy genu rybosomalnego w archebakterii”. Syst. Zał. Mikrobiol . 10 (3): 211–214. doi : 10.1016/s0723-2020(88)80002-x . PMID 11542149 .
- McGilla, TJ; Jurka J; Sobieski JM; Picketta MH; Biada CR; Lis GE (1986). „Charakterystyczne archebakteria 16S rRNA oligonukleotydy”. Syst. Zał. Mikrobiol . 7 (2-3): 194-197. doi : 10.1016/S0723-2020(86)80005-4 . PMID 11542064 .
- Biada, CR; Gupta R; Hahna CM; Zillig W; Tu J (1984). „Związki filogenetyczne trzech archebakterii zależnych od siarki”. Syst. Zał. Mikrobiol . 5 : 97-105. doi : 10.1016/S0723-2020(84)80054-5 . PMID 11541975 .
- Biada, CR; Olsen GJ (1984). „Związki filogenetyczne trzech archebakterii zależnych od siarki”. Syst. Zał. Mikrobiol . 5 : 97-105. doi : 10.1016/S0723-2020(84)80054-5 . PMID 11541975 .
- Biada, CR; Lis GE (1977). „Struktura filogenetyczna domeny prokariotycznej: królestwa podstawowe” . Proc. Natl. Acad. Nauka. Stany Zjednoczone . 74 (11): 5088–5090. Kod bib : 1977PNAS...74.5088W . doi : 10.1073/pnas.74.11.5088 . PMC 432104 . PMID 270744 .
Książki naukowe
- Garrity GM, Holt JG (2001). „Phylum AI. Crenarchaeota phy. nov.” . W DR Boone, RW Castenholz (red.). Bergey's Manual of Systematic Bacteriology Tom 1: Archaea i głęboko rozgałęzione i fototroficzne bakterie (wyd. 2). Nowy Jork: Springer Verlag. s. 169 . Numer ISBN 978-0-387-98771-2.
Naukowe bazy danych
- Referencje PubMed dla Crenarchaeota
- Referencje PubMed Central dla Crenarchaeota
- Referencje Google Scholar dla Crenarchaeota
Zewnętrzne linki
- Strona taksonomii NCBI dla Crenarchaeota
- Wyszukaj strony taksonomii Tree of Life dla Crenarchaeota
- Strona wyszukiwania Gatunki2000 dla Crenarchaeota
- Strona MicrobeWiki dla Crenarchaeota
- Strona LPSN dla Crenarchaeota
- Crenarchaeota ze strony Wirtualnej Mikrobiologii Uniwersytetu Wisconsin.
- Analiza porównawcza genomów Crenarchaeal (w systemie IMG DOE )
xclvkjesodkd0riyjtokgpfdoi-s-bj9tjhitebjtr3iog-kwg-it9jhti39fjo3ir=hj3kflrpj0yu3]i09ogkij