Myoviridae -Myoviridae

Myoviridae
Faga S-PM2.png
Obraz TEM wirionu Synechococcus Phage S-PM2
Klasyfikacja wirusów mi
(bez rankingu): Wirus
Królestwo : Duplodnaviria
Królestwo: Heunggongvirae
Gromada: Uroviricota
Klasa: Caudoviricetes
Zamówienie: Caudovirales
Rodzina: Myoviridae
Podrodziny i rodzaje

zobacz tekst

Myoviridae to rodzina bakteriofagów z rzędu Caudovirales . Bakterie i archeony służą jako naturalni żywiciele. W tej rodzinie jest 625 gatunków, przyporządkowanych do ośmiu podrodzin i 217 rodzajów.

Podziały

Podrodzina Tevenvirinae (synonim: Tequatrovirinae ) nosi nazwę gatunku Enterobacteria phage T4 . Członkowie tej podrodziny są morfologicznie nie do odróżnienia i mają umiarkowanie wydłużone głowy o długości około 110 nanometrów (nm), ogony o długości 114 nm z kołnierzem, płytki podstawy z krótkimi kolcami i sześć długich załamanych włókien ogona. Rodzaje w obrębie tej podrodziny dzieli się na podstawie morfologii głowy na rodzaj Tequatrovirus (nazwa tymczasowa: T4virus ) o długości głowy 137 nm i te z rodzaju Schizot4virus o długości 111 nm. W obrębie rodzajów na podstawie homologii białek gatunki zostały podzielone na kilka grup.

Podrodzina Peduovirinae ma wiriony o główkach o średnicy 60 nm i ogonach o wymiarach 135 × 18 nm. Fagi te można łatwo zidentyfikować, ponieważ skurczone osłonki mają tendencję do zsuwania się z rdzenia ogona. Fag P" jest gatunkiem typowym.

Wszystkie podrodziny Spounavirinae są zjadliwymi fagami o szerokim zakresie gospodarzy, które infekują członków Firmicutes . Posiadają głowice izometryczne o średnicy 87-94 nm i rzucające się w oczy kapsomery , prążkowane ogony o długości 140-219 nm oraz podwójną płytę podstawy. Na czubku ogona znajdują się kuliste struktury, znane obecnie jako kolce płyty podstawowej i krótkie załamane włókna ogona o sześciokrotnej symetrii. Członkowie tej grupy zwykle posiadają duże (127–142 kb) niepermutowane genomy z redundancją terminalną 3,1–20 kb. Nazwa tej podrodziny pochodzi od SPO plus una (łac. dla jednego).

Halowirusy HF1 i HF2 należą do tego samego rodzaju, ale ponieważ infekują raczej archeony niż bakterie, prawdopodobnie po ustaleniu ich klasyfikacji zostaną umieszczone w oddzielnym rodzaju.

Grupa karłowata została zaproponowana ze względów morfologicznych i genomicznych. Do tej grupy należą fagi Aeromonas salmonicida fagi 56, fagi 138 Vibrio cholerae i CP-T1, fagi Bdellovibrio φ1422 oraz fagi Pectobacterium carotovorum ZF40. Ich wspólne cechy obejmują identyczną morfologię wirionów, charakteryzującą się zazwyczaj krótkimi kurczliwymi ogonami, a wszystkie mają genom o wielkości około 45 kilozasad. Kolejność genów w jednostce strukturalnej genomu jest następująca: terminaza – portal – głowa – ogon – podstawa – włókna ogona.

Wirusologia

Typowa struktura miowirusa

Wirusy w Myoviridae są bezotoczkowe, z geometrią głowa-ogon (z szyją). Genomy są liniowym, dwuniciowym DNA o długości około 33-244 kb. Genom koduje od 40 do 415 białek. Ma końcowo redundantne sekwencje. Zawartość GC wynosi ~35%. Genom koduje 200-300 białek, które są transkrybowane w operonach. W genomie może być obecna 5-hydroksymetylocytozyna (zamiast tymidyny ).

Rurowy ogon ma symetrię spiralną i ma średnicę 16-20 nm. Składa się z centralnej rurki, kurczliwej osłony, kołnierza, płyty bazowej, sześciu szpilek ogonowych i sześciu długich włókien. Jest podobny do Tectiviridae , ale różni się tym, że ogon miowirusa jest trwały.

Skurcze ogona wymagają ATP . Podczas kurczenia się pochewki podjednostki pochewki nasuwają się na siebie, a ogon skraca się do długości 10–15 nm.

Koło życia

Cykl reprodukcyjny bakteriofaga Pseudomonas PAK_P3, rodzaj Nankakuvirus
Mikrofotografia cienkiego odcinka z tworzywa sztucznego komórki Salmonella z kapsydami Phage SPN3US ustawionymi na błonie komórkowej. Skala: 2000 Å. Źródło: J. Bernard Heymann i in. (2020)

Przyczepiając się do komórki gospodarza, wirus używa swojej kurczliwej osłonki jak strzykawki, przebijając ścianę komórkową centralną rurką i wstrzykując materiał genetyczny do gospodarza. Wstrzyknięty DNA przejmuje mechanizmy transkrypcji i translacji komórki gospodarza i zaczyna wytwarzać nowe wirusy. Replikacja jest zgodna z replikacyjnym modelem transpozycji. Transkrypcja na matrycy DNA jest metodą transkrypcji. Tłumaczenie odbywa się przez przesunięcie ramki rybosomalnej o 1 . Wirus opuszcza komórkę gospodarza przez lizę i choliny / endolysin / spanin białek. Bakterie i archeony służą jako naturalny żywiciel. Droga transmisji to dyfuzja pasywna .

Chociaż miowirusy są na ogół lityczne , brakuje im genów wymaganych do stania się lizogennymi , znanych jest wiele gatunków o umiarkowanym klimacie .

Aplikacje

Ponieważ większość Myoviridae to fagi lityczne, a nie umiarkowane, niektórzy badacze zbadali ich zastosowanie w terapii chorób bakteryjnych u ludzi i innych zwierząt.

Taksonomia

Rozpoznawanych jest osiem podrodzin:

Dodatkowo następujące rodzaje nie są przypisane do podrodziny:

Bibliografia

Zewnętrzne linki