Myoviridae -Myoviridae
Myoviridae | |
---|---|
Obraz TEM wirionu Synechococcus Phage S-PM2 | |
Klasyfikacja wirusów | |
(bez rankingu): | Wirus |
Królestwo : | Duplodnaviria |
Królestwo: | Heunggongvirae |
Gromada: | Uroviricota |
Klasa: | Caudoviricetes |
Zamówienie: | Caudovirales |
Rodzina: | Myoviridae |
Podrodziny i rodzaje | |
zobacz tekst |
Myoviridae to rodzina bakteriofagów z rzędu Caudovirales . Bakterie i archeony służą jako naturalni żywiciele. W tej rodzinie jest 625 gatunków, przyporządkowanych do ośmiu podrodzin i 217 rodzajów.
Podziały
Podrodzina Tevenvirinae (synonim: Tequatrovirinae ) nosi nazwę gatunku Enterobacteria phage T4 . Członkowie tej podrodziny są morfologicznie nie do odróżnienia i mają umiarkowanie wydłużone głowy o długości około 110 nanometrów (nm), ogony o długości 114 nm z kołnierzem, płytki podstawy z krótkimi kolcami i sześć długich załamanych włókien ogona. Rodzaje w obrębie tej podrodziny dzieli się na podstawie morfologii głowy na rodzaj Tequatrovirus (nazwa tymczasowa: T4virus ) o długości głowy 137 nm i te z rodzaju Schizot4virus o długości 111 nm. W obrębie rodzajów na podstawie homologii białek gatunki zostały podzielone na kilka grup.
Podrodzina Peduovirinae ma wiriony o główkach o średnicy 60 nm i ogonach o wymiarach 135 × 18 nm. Fagi te można łatwo zidentyfikować, ponieważ skurczone osłonki mają tendencję do zsuwania się z rdzenia ogona. Fag P" jest gatunkiem typowym.
Wszystkie podrodziny Spounavirinae są zjadliwymi fagami o szerokim zakresie gospodarzy, które infekują członków Firmicutes . Posiadają głowice izometryczne o średnicy 87-94 nm i rzucające się w oczy kapsomery , prążkowane ogony o długości 140-219 nm oraz podwójną płytę podstawy. Na czubku ogona znajdują się kuliste struktury, znane obecnie jako kolce płyty podstawowej i krótkie załamane włókna ogona o sześciokrotnej symetrii. Członkowie tej grupy zwykle posiadają duże (127–142 kb) niepermutowane genomy z redundancją terminalną 3,1–20 kb. Nazwa tej podrodziny pochodzi od SPO plus una (łac. dla jednego).
Halowirusy HF1 i HF2 należą do tego samego rodzaju, ale ponieważ infekują raczej archeony niż bakterie, prawdopodobnie po ustaleniu ich klasyfikacji zostaną umieszczone w oddzielnym rodzaju.
Grupa karłowata została zaproponowana ze względów morfologicznych i genomicznych. Do tej grupy należą fagi Aeromonas salmonicida fagi 56, fagi 138 Vibrio cholerae i CP-T1, fagi Bdellovibrio φ1422 oraz fagi Pectobacterium carotovorum ZF40. Ich wspólne cechy obejmują identyczną morfologię wirionów, charakteryzującą się zazwyczaj krótkimi kurczliwymi ogonami, a wszystkie mają genom o wielkości około 45 kilozasad. Kolejność genów w jednostce strukturalnej genomu jest następująca: terminaza – portal – głowa – ogon – podstawa – włókna ogona.
Wirusologia
Wirusy w Myoviridae są bezotoczkowe, z geometrią głowa-ogon (z szyją). Genomy są liniowym, dwuniciowym DNA o długości około 33-244 kb. Genom koduje od 40 do 415 białek. Ma końcowo redundantne sekwencje. Zawartość GC wynosi ~35%. Genom koduje 200-300 białek, które są transkrybowane w operonach. W genomie może być obecna 5-hydroksymetylocytozyna (zamiast tymidyny ).
Rurowy ogon ma symetrię spiralną i ma średnicę 16-20 nm. Składa się z centralnej rurki, kurczliwej osłony, kołnierza, płyty bazowej, sześciu szpilek ogonowych i sześciu długich włókien. Jest podobny do Tectiviridae , ale różni się tym, że ogon miowirusa jest trwały.
Skurcze ogona wymagają ATP . Podczas kurczenia się pochewki podjednostki pochewki nasuwają się na siebie, a ogon skraca się do długości 10–15 nm.
Koło życia
Przyczepiając się do komórki gospodarza, wirus używa swojej kurczliwej osłonki jak strzykawki, przebijając ścianę komórkową centralną rurką i wstrzykując materiał genetyczny do gospodarza. Wstrzyknięty DNA przejmuje mechanizmy transkrypcji i translacji komórki gospodarza i zaczyna wytwarzać nowe wirusy. Replikacja jest zgodna z replikacyjnym modelem transpozycji. Transkrypcja na matrycy DNA jest metodą transkrypcji. Tłumaczenie odbywa się przez przesunięcie ramki rybosomalnej o 1 . Wirus opuszcza komórkę gospodarza przez lizę i choliny / endolysin / spanin białek. Bakterie i archeony służą jako naturalny żywiciel. Droga transmisji to dyfuzja pasywna .
Chociaż miowirusy są na ogół lityczne , brakuje im genów wymaganych do stania się lizogennymi , znanych jest wiele gatunków o umiarkowanym klimacie .
Aplikacje
Ponieważ większość Myoviridae to fagi lityczne, a nie umiarkowane, niektórzy badacze zbadali ich zastosowanie w terapii chorób bakteryjnych u ludzi i innych zwierząt.
Taksonomia
Rozpoznawanych jest osiem podrodzin:
- Emmerichvirinae
- Eucampyvirinae
- Gorgonvirinae
- Ounavirinae
- Peduovirinae
- Tevenvirinae
- Twarogvirinae
- Vequintavirinae
Dodatkowo następujące rodzaje nie są przypisane do podrodziny:
- Abuowirus
- Ajonnawirus
- Agricanvirus
- Ahtiwirus
- Wirus Alkyoneus
- Aleksandrawirus
- Wirus Anamdong
- Anaposwirus
- Wirus Aokuang
- Wirus Asteriusa
- Atlauawirus
- Aurunwirus
- Ajohtrewirus
- Bajkałwirus
- Bakolywirus
- Barbawirus
- Bcepfunawirus
- Bcepmuwirus
- Wirus Becedseptima
- Bellamywirus
- Bendigowirus
- Bikwartawirus
- Bixzunawirus
- Wirus borockowy
- Brigitwirus
- Brizowirus
- Brunowirus
- Busanwirus
- Wirus karpazyny
- Wirus Chakrabarty
- Charybdyswirus
- Chiangmaiwirus
- Wirus Colney
- Cymopoleiawirus
- Derbicuswirus
- Dibbiwirus
- Donelliwirus
- Wirus Elmenteita
- Elwirus
- Emdodekawirus
- Wirus Eneladu
- Eponawirus
- Erskinewirus
- Eurybiawirus
- Ficleduowirus
- Flaumdrawirus
- Fukuiwirus
- Gofduowirus
- Goslarwirus
- Wirus Haloferacales
- Hapunawirus
- Wirus Heilongjiang
- Wirus Japetus
- Jodowirus
- Ionawirus
- Jedunawirus
- Jilinwirus
- Wirus jimmera
- Wirus Kanagawa
- Kanaloawirus
- Klausawirus
- Wirus Kleczkowskiej
- Wirus Kungbxna
- Kylewirus
- Wirus Lagaffe
- Leukotheawirus
- Libanwirus
- Lietduowirus
- Llyrwirus
- Wirus Loughborough
- Lubbockwirus
- Machinwirus
- Marfawirus
- Martawirus
- Mazuwirus
- Menderawirus
- Metriwirus
- Wirus Mieseafarm
- Mimaswirus
- Wirus Moabitów
- Moturawirus
- Muldoonwirus
- Mushuwirus
- Muwirus
- Myoalterowirus
- Myohalowirus
- Myosmarwirus
- Naeswirus
- Wirus Namaka
- Wirus nankaku
- Neptunwirus
- Nereuswirus
- Nerrivikwirus
- Nodenswirus
- Wirus Noxifer
- Wirus Nylescharon
- Wirus obolenski
- Otagowirus
- Pakpunawirus
- Palemonwirus
- Pbunawirus
- Wirus torfowy
- Pemunawirus
- Zwierzowirus
- Fabkwatrowirus
- Fapekoktawirus
- Fikzwirus
- Pippiwirus
- Wirus plaisance
- Wirus plateau
- Polibotoswirus
- Pontuswirus
- Popoffwirus
- Punawirus
- Wirus Qingdao
- Wirus Rahariana
- Radnorwirus
- Ripduowirus
- Risingsunvirus
- Ronodorwirus
- Wirus Rosemount
- Saclaywirus
- Wirus Saintgirons
- Salacisawirus
- Wirus łososia
- Sarumanwirus
- Sasquatchwirus
- Wirus Schmittlotza
- Seulwirus
- Wirus Shandong
- Wirus Sherbrooke
- Shirahamawirus
- Szalawirus
- Svunawirus
- Wirus Tabernariusa
- Takahashiwirus
- Wirus Tamkung
- Wirus taranisa
- Wirus Tefnut
- Tegunawirus
- Wirus taumas
- Tetiswirus
- Thornewirus
- Tijeunawirus
- Toutatiswirus
- Wirus Tulane
- Wellamowirus
- Wirus Vhml
- Wibakiwirus
- Wirus Wellingtona
- Wifcewirus
- Wirus Winklera
- Jokohamawirus
- Wirus Yoloswag
- Wirus Yongloolin
Bibliografia
Zewnętrzne linki