Konsorcjum Glikomików Funkcjonalnych - Consortium for Functional Glycomics

Konsorcjum Glikomików Funkcjonalnych

Tworzenie	2001
Cel, powód	zdefiniować paradygmaty, za pomocą których interakcje białko-węglowodany pośredniczą w komunikacji komórkowej
Siedziba	Instytut Badawczy Scripps
Członkostwo	otwarte dla każdego badacza prowadzącego dotowane badania nad białkami wiążącymi glikan lub ich ligandami
Główny śledczy	dr James Paulson
Budżet	finansowane z 10-letniego grantu na klej z National Institute of General Medical Sciences, części amerykańskiego National Institutes of Health (NIH)
Strona internetowa	http://www.functionalglycomics.org

Konsorcjum funkcjonalnego Glycomics ( CFG ) jest duża inicjatywa badawcza finansowana w 2001 roku przez dotacji klej z National Institute of General Medical Sciences (NIGMS) w celu „określenia paradygmatów, w którym białko - węglowodany interakcje Mediate komunikacja komórka ”. Aby osiągnąć ten cel, CFG bada funkcje:

• trzy główne klasy ssaczych białek wiążących glikan (GBP): lektyny typu C , galektyny i SIGLEC
• receptory immunologiczne, że węglowodany wiąże: CD1 , receptory komórek T i anty-węglowodanowe przeciwciała
• GBP mikroorganizmów, które wiążą się z glikanami komórek gospodarza jako receptorami.

CFG składa się z ośmiu podstawowych obiektów i ponad 500 uczestniczących badaczy, którzy współpracują w celu opracowania zasobów i usług oraz bezpłatnego udostępnienia ich społeczności naukowej. Dane generowane przez te zasoby są rejestrowane w bazach danych dostępnych przez Functional Glycomics Gateway, zasób sieciowy utrzymywany w ramach partnerstwa między CFG i Nature Publishing Group .

Organizacja

CFG składa się z trzech głównych elementów: uczestniczących badaczy, rdzeni i komitetu sterującego.

Badacze uczestniczący

Postęp w osiąganiu ogólnego celu CFG jest napędzany przez badania ponad 500 uczestniczących badaczy (PI) na całym świecie, których laboratoria wykorzystują zasoby, usługi i dane wytwarzane przez rdzenie naukowe CFG.

PI są największym składnikiem programu i każdego roku powiększają się o nowych członków. Każdy kierownik ma również program badań w zakresie CFG, wspierany przez fundusze spoza CFG. Śledczy ubiegają się o członkostwo i muszą otrzymać dofinansowanie w ramach CFG, ale nie muszą dołączać do CFG, aby uzyskać dostęp do zasobów. Kilku badaczy ma również granty pomostowe finansowane przez CFG, które są przede wszystkim powiązane z celami rdzeni naukowych i umożliwiają realizację tych celów, z korzyścią dla wszystkich badaczy.

PI są podzielone na 10 podgrup kierowanych przez liderów podgrup:

• Rozpoznawanie glikanów gospodarza przez mikroorganizmy
• Immunologiczne rozpoznawanie glikanów
• Glikany w komunikacji komórek odpornościowych
• Glikany w rozwoju i fizjologii
• Glikany w biologii raka
• Glikany w konformacji i funkcji białek
• Glikomiki analityczne
• Synteza chemiczna i mikromacierze glikanów
• 3-D glikobiologia strukturalna
• Bioinformatyka

Podgrupy organizują co najmniej trzy warsztaty rocznie, podczas których utworzyły kilka grup roboczych, aby wykorzystać fundusze CFG w swoich wysiłkach na rzecz zdefiniowania biologii GBP. Wkład PI w wyjaśnianie paradygmatów definiujących funkcję GBP jest uchwycony w bazach danych CFG, jak również w publikacjach badawczych i artykułach przeglądowych.

Rdzenie

Większość funduszy CFG jest inwestowana w rdzenie naukowe, które są odpowiedzialne za generowanie nowych zasobów, nowych technologii i platformy informacji, którą badacze wykorzystują w swoich badaniach. Osiem rdzeni CFG opisano poniżej:

• Rdzeń Administracyjny (A) , znajdujący się w Scripps Research Institute , wspiera komitet sterujący CFG, rdzenie i uczestniczących badaczy, planuje spotkania i warsztaty, publikuje kwartalny biuletyn, ułatwia prośby o zasoby, śledzi publikacje związane z CFG i pisze raporty z postępów dla NIGMS. Core A współpracuje również ściśle z Core B w celu aktualizacji i opracowywania nowych treści dla witryny Functional Glycomics Gateway.
• Bioinformatics Core (B) , zlokalizowane w Massachusetts Institute of Technology , jest odpowiedzialne za pozyskiwanie, przechowywanie i rozpowszechnianie wszystkich danych i informacji związanych z CFG. W tym celu Core B współpracuje z Nature Publishing Group w celu opracowania strony CFG Functional Glycomics Gateway. W tym przypadku Core B skonstruował złożone relacyjne bazy danych, aby zintegrować różnorodne zestawy danych wygenerowane przez rdzenie naukowe CFG i uczestniczących badaczy, a także zestawy danych z innych publicznych baz danych. Aby zwiększyć użyteczność tych baz danych, Core B współpracuje z ośrodkami naukowymi w celu opracowania narzędzi bioinformatycznych do eksploracji danych i przewidywania
• Analytical Glycotechnology Core (C) , zlokalizowany w Imperial College London , oferuje profilowanie metodą spektrometrii masowej białek N- i O-połączonych glikanów z komórek ssaków, przy czym najwyższy priorytet przyznaje się czystym populacjom ludzkich lub mysich komórek odpornościowych.
• Glycan Array Synthesis Core (D) , znajdujący się w The Scripps Research Institute , produkuje i zbiera związki węglowodanowe (monosacharydy, disacharydy itp.), białka wiążące glikan i przeciwciała antyglikanowe do dystrybucji wśród badaczy. Wiele z tych odczynników zostało hojnie wniesionych przez uczestniczących badaczy. Rdzeń D również syntetyzuje glikany i drukuje macierz glikanów CFG (patrz Rdzeń H poniżej)
• Gene Microarray Core (E) , znajdujący się w The Scripps Research Institute , bada próbki RNA dostarczone przez badaczy na specjalnie zaprojektowanej macierzy chipów glikogenowych opracowanych przy użyciu technologii Affymetrix . Chip zawiera zestawy sond przeznaczone do monitorowania ekspresji około 2000 genów ludzkich i mysich, w tym glikozylotransferazy, białka wiążące glikan, białka degradacji glikanów, białka transportu międzykomórkowego białek, transportery cukru, cząsteczki adhezyjne, interleukiny, mucyny, czynniki wzrostu, cytokiny, chemokiny i nie tylko.
• Mouse Transgenics Core (F) , dawniej zlokalizowany w The Scripps Research Institute , jest teraz zamknięty. W latach 2001-2009 Core F wygenerował 26 linii myszy z całkowitym i warunkowym nokautem z niedoborem białek wiążących glikan lub glikozylotransferaz. Wszystkie szczepy Core F są obecnie archiwizowane w Regionalnym Centrum Zasobów Mutant Mouse (MMRRC) na Uniwersytecie Kalifornijskim w Davis lub w The Jackson Laboratory (Jax). Jako usługa dla społeczności, CFG nadal utrzymuje miejsce w Functional Glycomics Gateway, aby pomóc badaczom zlokalizować potencjalne źródła linii myszy z nokautem glikogenu.
• Mouse Phenotype Core (G) , z siedzibą w Sanford-Burnham Medical Research Institute , współpracuje z uczestniczącymi badaczami „mentorami” w celu oceny histologii, hematologii, metabolizmu, funkcji immunologicznej i zachowania linii myszy wygenerowanych przez Core F w celu opisania fenotypowe wyniki usunięcia jednego lub więcej glikogenów. Według uznania Podkomisji ds. Myszy, Core G od czasu do czasu ocenia również linie myszy dostarczone przez badaczy.
• Protein-Glycan Interaction Core (H) , zlokalizowany na Emory University , analizuje wygenerowane przez badaczy lektyny, przeciwciała, antysurowice, mikroorganizmy lub podejrzewane białka wiążące glikan pochodzenia ludzkiego, zwierzęcego i mikrobiologicznego na macierzy glikanów ssaków w celu określenia swoistości węglowodanów i zidentyfikować określone ligandy. Obecna wersja tablicy (v4.1), opracowana i wydrukowana przez Core D, zawiera 465 różnych glikanów.

Komitet Sterujący

CFG jest zarządzany przez komitet sterujący, któremu przewodniczy dr James C. Paulson , profesor w The Scripps Research Institute i główny badacz grantu CFG na klej. Pozostałą część komitetu stanowi jedenastu dodatkowych ekspertów w zakresie glikomików i jeden pracownik naukowy NIGMS.

Pięć podkomitetów nadzoruje rdzenie i wydaje zalecenia dla komitetu sterującego dotyczące priorytetów zasobów i rozwoju technologii: Podkomitet Bioinformatyki, Podkomitet Glycan Array/Carbohydrate Library Podkomitet, Podkomitet Analizy Glykanów, Podkomitet Myszy i Podkomitet Nomenklatury.

Zasoby

Opisane powyżej zasoby i usługi CFG są bezpłatne dla badaczy badających złożoną biologię, która rządzi interakcjami białek wiążących glikan i ich ligandów w pośredniczeniu w komunikacji komórkowej.

Zasoby można uzyskać, przesyłając formularz na stronie Functional Glycomics Gateway. Po otrzymaniu wniosku odpowiedni główny dyrektor sprawdza go i kontaktuje się ze śledczym, jeśli potrzebne są dodatkowe informacje. Gdy główny dyrektor sfinalizuje wniosek i określi, czy rdzeń jest w stanie go spełnić, Komitet Sterujący CFG rozpatruje wniosek w celu ostatecznego zatwierdzenia.

Członkostwo w CFG nie jest warunkiem otrzymania zasobów, ale instytucja badacza musi zatwierdzić umowę o udostępnianiu danych CFG, aby zakończyć proces żądania zasobów.

Bazy danych

Dane uzyskane przez rdzenie naukowe CFG z próbkami przesłanymi przez badaczy oraz dane uzyskane przez badaczy w ich własnych laboratoriach przy użyciu zasobów CFG są przesyłane do baz danych CFG w celu rozpowszechniania wśród badaczy i społeczności naukowej. Specjalistyczne bazy danych dla GBP, struktur glikanów i glikozylotransferaz zostały zaprojektowane, aby pomóc w integracji danych i ocenie postępów w stosunku do ogólnego celu.

Najłatwiejszym sposobem przeszukiwania wszystkich informacji związanych z CFG jest wprowadzenie słowa kluczowego (np. „galektyna-1”, „kwas sialowy” itp.) lub nomenklatury węglowodanów IUPAC w polu wyszukiwania u góry Functional Glycomics Gateway.

Finansowanie

W 2001 roku CFG otrzymała od NIGMS pięcioletnią dotację na klej w wysokości 34 milionów dolarów. W 2006 roku grant CFG na klej został przedłużony na kolejne pięć lat z dodatkowymi 40,7 milionami dolarów. Finansowanie dotacji na klej zakończyło się 31 sierpnia 2011 r. CFG poszukuje alternatywnego finansowania, aby kontynuować wiele aspektów CFG poza okresem finansowania dotacji na klej.

Bibliografia